会社運営がうまく行くようの祈祷をしてもらい祈祷代を支払いました。

事業の用に直接供するものでは無いので一般的には含まれません。ただ、業種によっては、例えば、建設業における地鎮祭等一般慣行となっているものについては経費に含めているものもあろうかと存じます。
雑費で、非課税仕入とすることになりましょうか。

個人ではなく、会社で行っている場合は、経費で問題ないと思います。
勘定科目は、雑費でしょうか。

法人の場合は、「寄付金」になると考えます。
(寄付金の損金不算入の適用あり)

個人所得税の場合、事業上の経費では有りませんので、経費にはなりません。

寄付か、祈祷してもらっての役務提供の対価かは、判断が分かれるところと思いますが、あえて寄付金でなく、雑費で問題ないと思います。
もちろん消費税は、不課税取引となりますが。

ご回答ありがとうございました。

祈祷は､『役務の提供の対価』と考えてよいのでしょうか？

業種等を確認しないで一律にオーケーというのはさすがに抵抗感がありますね。税務上のリスクとしても許容範囲内に収まるのか。