課税処理について

報酬であれば、支払金額、源泉税額が記載されるのが通常だと思います。会計ソフトへの入力は、収入としての売上になると思います。課税処理については、源泉税課税なのか、消費税課税なのかは支払先に確認が必要になると思います。

説明が苦手でわかりにくかったと思います申し訳ありません。
明細には、
支給⇨課税処理　2万円
　　　消費税 〇〇円
　　　シャトル報酬　　〇〇円

控除⇨所得税　〇〇円
　　　共済会費　〇〇円
　　　車両リース料　〇〇円
　　　課税処理　2万円

となっています。

内訳から判断しまして、課税処理は源泉税ではなく、消費税のようです。つまり、20,000円は消費税込みの金額になると思います。相談者様が消費税の課税事業者でなければ、20,000円を売上として計上することになります。

では勘定科目は消費税にすればよいのでしょうか？

受取る報酬であれば、売上の勘定になります。