インボイス登録番号は取引ごとに毎回確認・記録する必要がありますか？

結論から申し上げますと、ご提案の設計（初回に番号をマスター登録し、2回目以降は「記載あり」等のステータス選択で紐付ける運用）で実務上問題なく、証憑ごとに13桁の番号そのものを毎回照合・記録する必要はございません。

根拠となる法令等の考え方は以下の通りです。

１、帳簿の法定記載事項に「登録番号」は含まれない
仕入税額控除の要件となる「帳簿」の記載事項は、①相手方の氏名又は名称、②取引年月日、③取引内容、④金額の4点です（消費税法第30条第7項）。
システム上の取引データ（帳簿）に登録番号そのものを毎度記録する法的義務はありません。

2、証憑（原本）側の保存要件
登録番号は、あくまで「適格請求書（証憑）」側に記載されるべき事項です。
ご提案の通り「レシート・領収書の原本は別途保存する」前提であれば、後から税務調査や監査を行う際、必要に応じて原本（または電帳法に基づく画像データ）を確認できるため、要件を満たします。

３、実務上の標準的なアプローチ
国税庁の「インボイス制度に関するQ&A」でも、継続的な取引先についてマスターデータ等で適格請求書発行事業者かどうかを管理する手法は、一般的な実務として認知されています。

顧問先様にご自身で日常の取引入力（記帳）を行っていただく運用を考えた場合、毎回13桁の目視確認・入力を強いるのは現実的ではありません。

「記載あり」なら取引先マスターと紐付けて適格仕入として処理し、「記載なし」「読めない」が選択された場合は免税事業者等からの仕入れ（経過措置等）として消費税の税区分を分岐させる設計であれば、ユーザーの入力負担を最小限に抑えつつ、税理士の監査にも十分に耐えうる運用となるかと存じます。

回答は以上となります。
ご参考になりましたら幸いです。

取引先のインボイス番号は、取引の都度確認しなくても大丈夫です。国税庁は、番号が有効かどうかの確認は必要としつつも、必ずしも毎回確認する必要はないと案内していると思います。

出澤先生

このたびは、法令上の考え方から実務上の運用まで、非常に分かりやすくご回答いただき、ありがとうございました。

帳簿には登録番号そのものを取引ごとに記録する義務はなく、原本を保存したうえで、取引先マスターに登録番号を保存して管理する方法で問題ないとのこと、大変参考になりました。

ご回答を踏まえ、初回は証憑に記載された登録番号を確認して取引先情報として保存し、2回目以降は13桁をユーザーが毎回入力するのではなく、保存済み番号と紐付けて管理する方向で進めたいと思います。

なお、証憑を撮影した際には毎回OCRで登録番号を読み取り、保存済み番号と自動照合し、不一致・記載なし・読み取れない場合のみユーザーへ確認を求める設計を考えています。

開発中のアプリの仕様を決めるうえで、大変貴重なご意見をいただきました。お忙しい中、丁寧にご回答いただき、本当にありがとうございました。

能登路先生

このたびはご回答いただき、
ありがとうございました。

同じ取引先の登録番号について、取引の都度ユーザーが13桁を確認・入力する必要はないとのこと、大変参考になりました。

初回に確認した番号を取引先情報として保存し、2回目以降は証憑撮影時にOCRで保存済み番号と自動照合する方向で設計を進めたいと思います。

お忙しい中、ご回答いただきありがとうございました。