耐用年数を過ぎても償却していた・・・。

減価償却の計算は、「個人」か「法人」かで取扱いが異なります。
ご相談の文面からはどちらかが判断できませんでしたので、それぞれについて回答いたします。

１．個人の場合には、減価償却は強制償却となっておりますので、パソコンに関してはあくまでも4年で償却すべき事項となります。少額ですので、問題にはならないとは思いますが、正しくは過去の償却計算からの修正という話しになります。

２．法人の場合には、減価償却は任意となっており、限度額までの損金算入であれば問題にはなりません。本来であれば償却限度額までの計算を行い4年が経過する年度で残額1円を残して償却が完了することになります。
今回は6年目を迎えて未だ1,000円強の簿価が残っているということで、過去において償却限度額まで減価償却を行っていなかったものと考えられます。
償却不足分は法定耐用年数を超えて償却することが可能です。
推定ですが、6年目の残額が千円強であれば1円を残しての償却が可能ではないかと思われます。

宜しくお願いします。

説明不足で申し訳ありません。法人です。
今期の決算で償却しようと思います。

ご丁寧で分かりやすい回答、
本当にありがとうございました。
感謝です。