ビザ更新不可になった場合の税務上の取扱い

特許権を保有しているのが会社であれば、会社自身の問題であって、社長の個人的な事情は税務上関係ありません。
社長が日本に入国できないことと会社の存続要件はあまり関係ないことと思われます。極端な話、代表取締役を交代させることはできるわけですから。

ご回答ありがとうございます。
追加で質問なのですが、法人税におけるリスク（会社の実態性の維持）や社長個人の役員報酬に対する課税、特許権のロイヤリティ（売上）に関する消費税などの取扱いも変わってくるものなのでしょうか？

お世話になっております。
結論からいうと、社長個人の在留資格（ビザ）が更新できなくても、会社が直ちに解散したり、税務上大きな問題が生じたりするわけではございません。以下、ご参考ください。

①会社は存続できるか
→基本的には可能です。代表取締役が外国人、100％株主が外国人は多数ございます。

②税務上の問題
→通常はございません。法人税、消費税、地方税の納税義務はそのまま継続します。特許権のライセンス収入も従来通り、法人収入になります。

ご質問内容から、中国側から「特許権貸付業の会社は本当に日本法人なのかどうか」という指摘されることは想起されました。
これはビザの有無とは別問題です。
社長が年のほとんどを中国在住、意思決定も中国という点＝実質的な経営管理は中国では？が主な理由です。

不都合であれば代表者を交代させることが可能であることから、代表者のビザの更新問題が直ちに会社の税務問題などに影響するとは考えられません。
また、社長自身がそもそも「非居住者」ですので、役員報酬に対する課税に影響を及ぼすことはないと思われます。