任意団体から法人への業務委託について

ご質問の内容だけで直ちに問題があるとはいえませんが、契約主体と実際のお金の流れが一致しているかは確認が必要だと思います。
任意団体の事務局業務を法人へ委託すること自体はあり得ますし、販売する商品の契約主体も任意団体と法人のどちらにするかは設計可能です。ただ、名目上は任意団体が契約主体でも、実際には法人が事業を行い収益を管理しているような場合には、法人側の売上計上や消費税の判定が問題になることがあります。

また、任意団体は法人格がないため、任意団体固有の収入なのか、構成員や代表者に帰属するのかが曖昧になりやすい点にも注意が必要です。業務委託料の額が不自然でないか、任意団体と法人の役割分担が規約や契約書で明確か、入出金口座や経理区分が分かれているかといった点を整えておけば、税務上の説明はしやすくなると思います。