賃金台帳、市町村民税について

仰る通りで問題ありません。
主な勤務先で特別徴収として給与支払報告書を提出しているはずです。
もし市町村から会社宛てに特別徴収の通知が来た場合には、手続きミスの可能性がありますので、本人に本業がどちらか確認した上で市町村へ問合せましょう。

お返事ありがとうございます。
大変解りやすいです。

もう一点よろしいでしょうか。
>弊社では徴収せず
給与支払報告書の提出もしなくていいのですか？
それとも提出はするが、徴収しなくてよいのですか？
その場合、普通徴収を選択するのでしょうか？

よろしくお願いいたします。

副業側の事業者（乙欄源泉）でも給与支払報告書の提出義務はあります。
その場合は普通徴収として、普通徴収切替理由書の理由欄に「他の事務所で特別徴収」という欄がありますのでそちらを選択します。

そうなんですね！
理解しました、ありがとうございます！