期限を過ぎてふるさと納税の確定申告を行ったとき住民税は控除されますか

考え得るのは、所得税の申告のタイミングの問題で住民税の計算に考慮されなかったか、単純に自治体が計算ミスをしている可能性があるということです。
お住まいの自治体に寄附金控除がされていない旨、および、必要手続きを直接お問合せいただくのがよろしいかと存じます。

回答します。
あり得ない話です。確定申告したデータはそのまま住民税当局へ引き継がれます。データでの引き継なので、途中で内容が変わることはありません。問題は引き継がれた後、税務課での処理です。あなたの申告書類の控えを持参し税務課の窓口で説明を受けてください。
税務課内部での処理に抜けた要因があります。

松井様、丸山様

質問へのご返答ありがとうございます。
もう一度書類を提出しなければならないのでは、と不安があったのでご返答を見て安心しました。まずは自治体の税務課に問い合わせてみます。

お力添えに感謝致します。