個人事業主、障害者の税金について

東京都豊島区だと合計所得１３５万以下です。基礎控除とか医療費控除とか引く前の所得です。地方だともう少し低いかもしれませんが１３０万なら住民税はかからないと思います。１３０万だと所得税のほうは、基礎控除と障害者控除だけだと所得税は課税になると思います。さらに　合計所得が４８万を超えるので、お父さんの税金上の扶養にはなれません。

税の扶養は外れた場合、父側がなにか手続きなどするのでしょうか？その場合確定申告後でも大丈夫ですか？

お父さんが確定申告をするとき、あるいは会社で年末調整をするときに、あなたのことを扶養親族として申告しない（書かない）だけでOKです。