相場より高い家賃駐車場設定

親族や同族会社などの特殊関係人相手に、恣意的に価格を増減して設定すると税務上の課税が発生するケースはあります。
しかし、このケースでは、埋まりにくくても第三者相手に貸そうということでしょうから、高額設定でも税務上は、一般的な収入に対する課税等以外の思わぬ課税が生じることはないと思います。

ご回答ありがとうございます。

極端なことを言えば、駐車場代が家賃を上回っていても完全な第三者相手に貸すということであれば問題はないということでしょうか？

「完全な第三者」というのが、面識や仕事を含むあらゆる関係がない者というような意味であれば、利益の付け替えのような特別な取引でもないですから、追加的な課税は起きないと言えます。
一方、貴殿もご推察かと思いますが、家賃を上回るような取引であれば、駐車場付き居住用不動産を借りた方が良い場合もあり、現在そのような駐車場の借り手を見込めること自体が何かしらのつながりを感じると思います。