ローンのある投資用マンション売却時にかかる税金について

ケースバイケースでしょう。

同じ値段で買い取る場合
所得税と市民税が(売却金額-未償却残高)×税率分（所得税と復興税合わせて30.63％、住民税9％）かかるのは事実です。
未償却残高は、購入価額から売却までの償却額を引いた残りです。

一方、残っているローン残高は、１棟分100％のローンだとしても、売却時点では少し、残高が減っているはずで、購入価額で買い戻してもらえるなら、ローンを全額払っても少し残るでしょう。
残る金額と、所得税と住民税との合計がどちらが多いかになりますから、一概にいえません。

単純に考えれば以上の通りですが、借入時に保証料を一括支払いしていれば、その返金がありそうですし、買い戻し時に仲介手数料みたいなものは取られないか、検査の結果、痛んでいるところがあり、修繕等を求められないかなど、計算どおりいくかは、やってみないと分からない部分があります。

ありがとうございます。
ケースバイケースというと購入金額が含まれるケースもあるのでしょうか。

購入金額が含まれるケースの意味は何でしょうか？

未償却残高は、購入金額から、計上した減価償却費を差し引いた額なので、購入金額から計算した金額ですから、含まれるといえますが、「相談の購入金額が含まれるケース」は、このことを想定していますか？

購入金額は一括ではなく減価償却という形で償却期間で分割して差し引かれるということでしょうか。

そのとおりです。
購入価額で売却できれば、譲渡益は過去に償却した金額です。

なお、減価償却は建物が対象で、土地はそのままです。

ありがとうございました。土地の分は一括で差し引かれ、建物分は分割で差し引かれるということですね。