所得税について

本来は、法人から個人への直の移転で問題ないのですが、ワンクッション入れるということは、適正な金額で移転しているということを証明したいということなのではないでしょうか？
相談者様は時価相当額で引き取るのでしょうか？

こんにちは。
相談者様は個人事業で自動車業を営んでいるとの事ですから、業界の事情は詳しいと思いますので、その辺は省略します。
まず自動車屋を間に入れたいとする理由ですが、考えられるのは、我々税理士事務所よりA社社長に指示があった場合です。その理由は、A社からA社社長に直接売買した場合、後の税務調査等で売買価格が適正であるかどうかが問題になるケースがあります。これを防止するため、間に一旦他社をかませて取引することを進めたり、ディーラーに車を持ち込んで、査定価格を証明してもらい、その金額を参考価格として売買する等の手順を踏むことがあります。

次に所得税がかかってくるかとの質問ですが、自動車販売業も自動車修理業も、所得税法上は事業所得として申告することになります。
そんな中で、A社からの仕入れ価格は2,500万円でA社社長に幾らで売却するのでしょうか？
2,600万円で売却すれば、差額の100万円については所得税の課税になります。さらに所得税だけではなく、消費税の問題も発生します。
相談者様の事業が課税事業者になっていると思われますが、簡易課税を選択している場合、消費税額は約50万円は余分に負担することになります。税額で約50万円の増加ですから、ちょっと無視できる金額ではないと思います。

税金面はやはり心配ですが、それに加えて下記の事項を検討して下さい。
まず、車両は少なくとも高級車と言われる部類のポルシェとなります。その金額、実に2,500万円です。
そこで、その車両ポルシェのメンテナンスを行ってからA社長への売却となるのでしょうか？それとも名義変更だけの目的で、車両自体は相談者様の下へは納車とはならないのでしょうか？

ポルシェが一旦相談者様の基に納車となった場合、保管体制は問題ないのでしょうか？後から傷がついていたとか言われない体制が確保できますか？

相談者様が間に入る場合、相談者様はA社に対して一旦2,500万円を支払うことの可能性が出てきますが、大丈夫ですか？

そのポルシェの車検証の所有者欄に相談者様の氏名等が記載されるようになるのでしょうか？それとも中間省略するのでしょうか？
もし、中間省略されるのであれば、A社⇒相談者様⇒A社社長の意味がなさないと思われます。

さらには、A社の意向を受けたときに、相談者様の消費税申告が簡易課税を選択している場合には、不利益を被ります。この場合の損失補填をどの様にされるのかを事前に決めておくことが必要となります。

一番は、相談者様がポルシェの見積書を発行してその金額を参考に、A社とA社社長とで直接売買してもらうのが最善かと思います。

ご検討をお願いいたします。