ひとり会社の住居がPE認定されてしまうリスクはどの程度ありますか

PEの問題ではなく、そもそも日本の内国法人ですから日本で申告納税義務があります。
貴方が経営する法人でも貴方個人と法人は別人です。

回答有り難うございます。
日本の法人であれば、日本での申告納税義務があるのは理解しています。

合同社員で社員がひとりしかいない（≒役員のみ）場合は仕事の実態が居住国にあると見なされやすいのではないか
その場合、支店PE・事業の管理の場所という条件にあてはめられ、居住国でも法人税を納める必要が出てくるのかという疑問でした

社員が非居住者であろうが、先の回答の通り、社員個人と法人は別人です。
会社法上は非居住者が社員でも日本の合同会社は設立できますが、あくまで国内法人です。
課税権は主権国家が有するものですから、海外支店を除いて日本の法人に外国の課税権は及ばないのが原則です。日本の法人税がアメリカやＥＵの企業に適用できないことをお考え下さい。
居住国というのはあくまで貴方の居住国であって、日本法人の所在地ではありません。
貴方個人に対する課税については居住国の課税当局にお問い合わせください。

補足します。
貴方の居住国が日本の合同会社の実質的な支店などの海外拠点とみなされるかどうかは日本の税法で判断するものでありませんから、こちらも居住国の課税当局にお問い合わせください。

回答ありがとうございました。参考にさせていただきます。