親子会社間のギ業務委託料の決め方について

業務委託料の決め方に明確な基準はありません。

ご質問のようなグループ間における取引の対価を考える上で重要な
ことは恣意性の介入を防ぐことです。

一例としてご記載されているように、子会社の仕事に使った時間を
明確に把握できるのであればその時間に人件費を乗じた金額を
請求する方法も合理的だと考えます。
さらに加えると、その算定方法を契約書や規定等で明確にしておき、
それをむやみに変更しないように運営することがポイントです。

また必ずしも利益を上乗せしなければならないというわけではない
ですが一般的に、同様の仕事を第三者の会社に依頼した場合には
当然利益が上乗せされていると思いますので、そういった他社の
金額を把握できるのであれば（たとえば、経理業務のアウトソーシン
グの相場など、インターネット上で公開されているものもあると思い
ますので）、その金額と比較してみて、利益を上乗せするかどうか
を検討してはいかがでしょうか。