税務上利益供与に該当するのでしょうか？

共同研究の結果得られた成果について特許を出願する際の出願料を企業が負担したとしても、必ずしも利益供与には該当しません。
大学と共同研究する際には契約書を締結するかと思いますが、その中に双方の費用負担については事前に合意がなされているはずです。

ありがとうございます。大学も特許取得によってなんらかの便益を得ると思いますが、利益供与にならない論拠を教えていただけないでしょうか。

「必ずしも」利益供与とはならない、とご回答しています。
大学と企業とで共同研究を行う際、費用負担に関する事項、研究の成果の帰属について事前に契約書を取り交わすのが通常です。
それに従って費用負担するのであれば、問題にはなりません。

ありがとうございます。何度も申し訳ございませんが、リンク先のガイドラインだと、「大学と企業で共同で特許を取得し、企業が取得した特許権を第3者に利用させて、特許権使用料を得た場合はにおいて、大学から不実施補償の請求があれば、企業はそれに応えなければならない」と記載されており、契約もこれに基づいて行われるのですが、不実施補償の請求をすればその時点で大学にも益があがるので、ここについては
利益供与になるような気がするのですが、これも契約書で謳っておけば問題ないということになるのでしょうか？

この場では一般的な回答しか差し上げる事ができません。
具体的な判断は契約書を拝見し、また共同研究の内容をお聞きしないと回答することができません。

ご相談者様が心配されている利益供与ですが、共同研究の相手側の利益への貢献度がない（もしくは少ない）場合に生じるものです。大学との共同研究の場合、大学が提供するのはナレッジ面ですので、費用負担は企業側が多くなる傾向はあります。

ありがとうございました。
一般論としてでも大変参考になり助かりました！