相当地代の改定について

はじめまして、税理士の田村と申します。
質問に答えさせて頂きます。
①について、
相当の地代の改定を行い、改定後の地代を法人側でも個人側でも計上しており、単に届出の提出のみ失念したのであれば、税額に変更がないため、罰則には問われないと推測いたします。(届出の提出期限は「遅滞なく」とされており、変更後にあまり遅れることなく提出することが求められますが、期日は決まってはないことより。)
ただし、私より確約はできない旨ご了承ください。

②について、
相当の地代とは、ご承知のとおり、(直近３年平均の路線価評価額)÷３年×６％により求めます。これより３年を経過すると、使用する路線価は全く別の年になりますので、相当の地代も変わるのではないか、という趣旨からの目安となります。その年の路線価は７月に発表となりますので、約半年位の改定時期の差は認められるのではないでしょうか。

田村先生ありがとうございました。もちろんご迷惑はおかけしません。一般的なご意見を伺えれば幸いです。
当方の顧問税理士が不動産に弱く自身で勉強も兼ねております。

説明不足で済みません

①契約当事者
　両方とも法人なのですが、ご回答いただいた内容は法人・個人前提でしたが特段取り扱いは
　変わりませんでしたでしょうか？

②地代変更時期について
　地代は8月から当時契約開始でして、3年ごとに改定する契約になっています。本来今年8月に変更すべきですが、覚書で来年3月の地価公示の時期に合わせて改訂時期を変更しようと思います。
　ただ先生のご回答によりますと7月が路線価は発表とのことですので、原則の改定時期8月がそもそも路線価発表時期を超えているため、来年3月まで改訂時期を引き延ばすのは制度的に難しいとお考えでしょうか？
　仮に難しい場合、今回地価上昇にともなって地代上昇すべきところ固定してしまっていた場合、権利金認定課税は起こりうるのでしょうか？それとも固定方式に変更したものとして取り扱われ、平時の法人税には影響ないという考えでよいのでしょうか？

追加のご質問について、答えさせて頂きます。
①について、
相当の地代とは、「権利金に相当する地代」の略であり、法人の目的が営利活動を行うことであることを鑑みると、法人間で相当の地代のやり取りを行う状況が、一般的には不自然に思えます。しかし、両社が法人でも、取り扱いは同じです。
②について、
相当の地代の額を、相続税評価額を参考とするのであれば、変更の時期を公示時価の発表の時期に合わせることは、不自然な状況であると判断いたします。
また、固定方式を選択されていらっしゃいませんので、変更の届出なく固定公式に変更されることはないと推察いたします。そのため不相当な地代となった場合は、それ相応の取り扱いとなります。
いずれにせよ、顧問税理士先生とよくご相談することをお勧めします。