欠損金の繰戻し還付請求

還付金は雑収入、または特別利益に計上することになります。
税務上はどちらに計上しても構いません。

還付事業年度の修正申告において、既確定税額欄に還付金額をマイナスで書けば大丈夫ですか？

還付を受けた税額の対象事業年度と、修正申告の対象事業年度は違うはずです。マイナスの表示はありえません。
還付請求や修正申告は、一般の経理担当者が作成できる書類ではありません。顧問税理士に依頼した方が良いです。

失礼しました
x1年　有所得
x2年　欠損
で還付請求していたところ
x2年を有所得で修正申告する場合の処理です。
申告書25欄で当該修正税額と還付額を合算記載しますか？

還付金額が入った事業年度は×３年になるはずです。
×２年の修正申告に還付請求した金額を記載することはありません。
通常の修正申告の記載マニュアルで対応できる内容ではありませんので、無料相談で正確に伝えることはできません。
税務調査の対象にもなるでしょう。