グループ法人間の家賃設定について

500万円－5万円＝495万円が、不動産管理会社は一般寄附金として損金算入の制限を受け、事業会社は受贈益として法人税課税の対象となります。

補足します。
事業会社は、地代家賃500万円／現金預金5万円、受贈益495万円となりますので、500万円が損金、495万円が益金となり、実際に支払った5万円が損金となります。

返信ありがとうございます。
不動産管理会社にかかる税金→過少申告による過怠税？495万

事業会社→受増益495万

とゆーことですか？

いいえ、違います。
当初のご質問では「設定した場合…」とありますので、相場500万円を5万円にした場合の回答をしています。
過少申告とは既に申告している場合です。

不動産管理会社は、現金預金5万円、寄附金495万円／受取賃料500万円という仕訳になり、寄附金495万円の損金算入が一部しかできないということです。

事業会社は2番目の回答の通りです。

不動産管理会社は益金としてみる金額は0で
事業会社は495万の受増益とゆーことですか？
事業会社が赤字500万なら法人税かからないとゆーことですか？
何度も申し訳ありません！

全く違います。
申し訳ありませんが、今一度最初から回答をご確認願います。

不動産管理会社は、受取家賃500万円が益金、寄附金495万円は損金となる金額に制限がある、ということです。
事業会社は2番目の回答の通り、地代家賃500万円が損金、受贈益495万円が益金となり、差引で実際に支払った5万円が損金になるということです。
赤字であれば法人税は掛かりません。