海外支店と得意先の契約に関して

この場合、契約は得意先と当社台湾支店にしなければならないのでしょうか？
台湾支店といえども当社と同じ会社なので、本社と得意先とで契約を済むぶのはまずいでしょうか？
その場合、税務的な見地でなにかややこしいことが生じますでしょうか？

→本社で契約しても支店で契約しても税法上は一法人が行ったことなので、何ら問題はないと思います。
ご質問は税法上の問題ではなく、社内規定（支店長に契約の権限が与えられているか）などの問題だと思いますので、企業法務に詳しい弁護士にご相談いただいた方がよろしいかと思います。

台湾支店の収益は台湾で法人税を納付しなければならないのでしょうか？だとすると契約も台湾支店で結んだ方がよいのでしょうか？

→台湾の税法は日本の税理士の専門外なのでわかりません。台湾当局にお問い合わせください。
なお、日本の法人税は全世界所得課税が原則なので、台湾支店での収益も日本で申告することになりますが、 台湾との租税条約による外国税額控除の適用はあると思います。

海外に支店を展開されている規模であれば顧問税理士がおられるのではありませんか？
居られるのであれば直接ご相談いただいた方が良いです。

ありがとうございます。支店とはいえ海外なので何か税務上問題があるのかと不安でした。
外税控除も利用できるので安心です。