中古車の仕入税額控除について

古物商登録済みの個人であることを前提として回答します。
購入金額のうち、リサイクル料は非課税仕入れ、その他は課税仕入れで処理するのが適切と考えます。
リサイクル料は、「リサイクル料金検索」で確認できます。

また、課税仕入れとする場合には、古物商等特例により、所定の帳簿記載（相手方氏名・住所、車両情報、対価など）を保存する必要があります（棚卸資産としての転売目的であることが前提です）。

参考：
リサイクル料金検索
http://www1.jars.gr.jp/k/kdi00010.do

中古車販売における未経過自動車税等の取扱い
https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/shohi/02/41.htm

中古車を個人から仕入れる場合、相手方が事業者でない限りインボイス（適格請求書）の発行はできません。そのため、領収書を受け取っていても仕入税額控除の対象にはならず、課税仕入として処理すると税務調査で指摘を受ける可能性があります。個人からの購入は「非課税仕入」または「不課税取引」として整理するのが適切です。
また、相手が事業者であってもインボイス未登録であれば、原則控除不可です。ただし経過措置により、2029年9月までは一定割合（令和7年9月までは80％、以降50％）の控除が認められます。法定費用や諸経費を含む総額の領収書しかない場合でも、仕入先の属性を記録し、課税区分を明確にすることが肝要です。