建物新築時における各種適合判定料の消費税について

詳細まで解説すると長文になってしまうので、まずは以下の国税庁のページを参照されるといいと思います。
https://www.nta.go.jp/publication/pamph/shohi/aramashi/pdf/004.pdf

その上で、質問者様がご指摘の「消費税は、国内において事業者が事業として対価を得て行う取引を課税の対象としています。」というのは、フローの3段目までの、①事業者が行う取引、②国内取引、③資産の譲渡等に該当するかどうかの判定を意味します。
3段目までクリアすれば課税対象取引ということになりますが、課税対象取引は更に、非課税取引、課税取引、免税取引に分類されます。非課税取引は、法律上17項目の取引に限って消費税は課さないとされており、これに該当すれば非課税、該当しなければ課税取引または免税取引という判定フローになります。
【非課税取引一覧】https://www.nta.go.jp/m/taxanswer/6201.htm

建築確認申請は、課税対象取引に該当しますが、非課税の指定（（7）国等が行う一定の役務の提供）を受けているので消費税は課さないこととされており、省エネ適合判定は、課税対象取引に該当し、更に非課税の指定を受けていないので課税取引になります。

お忙しい中ありがとうございました。