教えてください

　　回答します

　　支払調書の「支払額」は、源泉徴収された所得税額を含みます。
　　※消費税額も含みます
　　支払総額とは、源泉徴収される前の報酬の額ということであれば、ご理解のとおりとなります。

　　源泉所得税は所得税を前もって納税しているだけですので、収入金額となる報酬の金額は、源泉徴収される前の報酬の金額となります。

支払い調書の支払い金額の欄が実際に支払額実際に働いた支払額の記載でかつ記入されてある源泉徴収税額で申告した場合、支払い総額が５５万で報酬としていただいた額が５２万だった場合２万から3万違いがありますが税額には変わりないかなと思ってはいるんですが、52万報酬としていただいた額が支払い調書に記載されていてそれで申告しました。
実際お店がないので確認はとれないんですが、
このような場合はどうなりますか？

　　回答します

　　収入金額は55万円として確定申告をしてください。
　　もともと「支払調書」は、支払者が税務署の提出する資料で、報酬の受領者に交付するものでもありませんし、報酬の受領者は確定申告の際に「支払調書」を添付する義務もありません。
　　正しい報酬額で確定申告をすることをお勧めいたします。

明細書がすでにない状態です
ざっくりとしたずれならわかりますが。
7万くらいの差なんで税率変わらないかと思いますが、税務署に相談したらいいですかね？

税務署の相談されても、調査でない以上貴方の正確な収入金額を把握することはできないと思います。
　既に確定申告期限が迫っていますので、貴方の分かる範囲で収入金額等をを記載することになると思います。