2年前のご祝儀と贈与税について

今ご祝儀50万円ほどをすべて自分名義の銀行口座に入金すると、税務署から何か指摘を受けるでしょうか？

いいえ、ご祝儀は、通常の生活様式の範囲ないなので、贈与の問題はないと考えます。
（社交上必要と認められる香典等の非課税の取扱い）
21の3-9　個人から受ける香典、花輪代、年末年始の贈答、祝物又は見舞い等のための金品で、法律上贈与に該当するものであっても、社交上の必要によるもので贈与者と受贈者との関係等に照らして社会通念上相当と認められるものについては、贈与税を課税しないことに取り扱うものとする。（昭50直資2-257改正、平15課資2-1改正）


仮に銀行口座に入金できるとして、何か特別な手続き等は必要でしょうか？


何もいりません。ご祝儀の書類を残していてください。
何か言われても、それを見せてください。