「年収」は個人年金やidecoをひくことはできますか？

個人年金、idecoは、所得から引く（所得控除）の項目です。
年収とは、年間の収入ですから、所得控除とは関係ありません。
引く前の収入です。

ただ、多くの所得制限は、収入ではなく、課税所得が基準だっりします。多くのサイトはわかりやすさを第一に、給与収入に換算して、およその金額を表示してある場合があります。
既にお気づきかも知れませんが、所得は給与所得とは限らず、事業所得なども有り、一律で収入で所得制限をしてはいません。
HPの表示してある収入は目安の場合が多いので、課税所得で制限をしてある場合、所得控除も影響します。
所得で制限していれば所得控除は関係ありませんが、課税所得で制限していれば、所得控除も影響します。その区別はと言われても本当の所得制限の金額が明示していない場合も多く、対応に苦慮します。

※　中には支払う住民税の金額で制限している場合もあり、この場合は所得控除も影響します。