農地転用決済金等が譲渡費用に当たるとされる理屈とは？

税理士の及川と申します。
よろしくお願いいたします。

ご質問の件は、平成18年4月20日の最高裁判所の判決（判例自体は裁判所のＨＰのこちらhttp://www.courts.go.jp/app/hanrei_jp/detail2?id=32919
をご覧ください）
を受けた平成19年6月22日の国税庁の法令解釈通達「土地改良区内の農地の転用目的での譲渡に際して土地改良区に支払われた農地転用決済金等がある場合における譲渡費用の取扱いについて」（参照http://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kobetsu/shotoku/joto-sanrin/070622/01.htm）を受けてのことだと思います。

最高裁判決では、事実関係等から、納税者が土地を転用目的で譲渡する場合には、土地改良法42条2項及びこれを受けて制定された処理規程により決済金の支払をしなければならなかったのであるから、決済金は“客観的に見て売買契約に基づく土地の譲渡を実現するために必要であった費用”に当たり、土地の譲渡費用に当たるべきであると。また、土地改良区の組合員が、その地区内の農地を転用目的で譲渡するに当たり、使用過程及び徴収過程に基づく施設等使用負担金を支払った場合には、転用された土地のために土地改良施設を将来にわたり使用することができることになるのであるから、施設等使用負担金の支払は、当該土地の譲渡価額の増額をもたらすものということができる。したがって、納税者が負担した施設等使用負担金として支払った協力金等は、土地の譲渡費用に当たるというべきであるという判断を下しました。

以上です。