つなぎ融資利用時の持分割合

つなぎ融資は単独名義しか受け付けておらず、夫単独名義となるようです。
なお、銀行サイドとしてはつなぎ融資が単独だろうがペアだろうが気にしないようです。

→上記の内容が矛盾しているのでよくわかりませんが、夫4,200万円（6,000万円×7,000万円／1億円）、妻1,800万円（6,000万円×3,000万円／1億円）でそれぞれつなぎ融資を申し込めば良いのではありませんか。

分かりにくくて申し訳ありません。
つなぎ融資と、住宅ローンの銀行は別会社です。
つなぎ融資の会社は、主債務者（夫）の単独名義でしか受け付けておりません（妻は連帯保証人になります）。
単独→ペアの借り換えは難しいと耳にしますので、住宅ローンの銀行に聞いたところ、『他行での土地のつなぎ融資が単独名義でも、ペアローンで住宅ローンに含めることは出来る』と返答いただいております。

何故、最終的に住宅ローンを組む金融機関とつなぎ融資の会社を別にするのかわかりませんが、ご記載のようにご主人の単独所有の土地の持分の一部を奥様が取得することになるので、少なくとも奥様に不動産取得税は課せられるでしょう。
また、奥様が取得した土地持分の時価と奥様の土地に対するローン価額が同額でなければ贈与税の問題も生じますが、こちらはネット相談で評価できるものではありませんので、必ず贈与税が生じるかどうかは回答できません。
私は、前職で24年余り銀行員でしたが、通常、つなぎ融資は住宅ローンを組む金融機関で受けるもので、別会社でつなぎ融資を受けるということは余り聞いたことがありません。
最終的に住宅ローンを組む金融機関であれば、つなぎ融資の回収に何の懸念もありませんし、当初の回答の通り最終的な持分と同じ割合でつなぎ融資を受ければ贈与税の懸念もないためです。
申し訳ありませんが、私から申し上げられるのは上記が限度です。

追記します。
それぞれの住宅ローン控除には影響はないと思います。

お返事ありがとうございます。
住宅ローンの銀行はネット銀行で、つなぎ融資はやっておらず、必要な場合は別会社を紹介されるようです。
やはり、妻に不動産取得税が課せられる可能性が高いのですね。
お忙しいところ、誠にありがとうございました。