お寺の霊園経営について

①-④の条件では、収益事業に該当しないと思います。寺の境内の一部を駐車場として経営し、利用料金を収受すれば収益事業に該当します。

　宗教法人の「墓地等」の貸付は、収益事業に該当しないとされており、「地代」のほかそれに付随する費用（年間管理料）や永代使用料なども含まれます。
　なお、石材店から紹介手数料を受領した時は「周旋業＝収益事業」に該当しますが、今回のケースでは支払う側ですので収益事業には該当しません。

　国税庁HPに「宗教法人の税務」という冊子がUPされていますので、参考に添付します。P12～を参考にしてください。
　https://www.nta.go.jp/publication/pamph/gensen/r07_shukyo.pdf

　

宗派不問であることで、収益事業とみなされることはないのでしょうか？

宗派不問であっても収益事業とみなされることはないです。

また、④の販売委託料について、支払う側ではありますが、永代使用料が一度石材店に振り込まれ、そこから石材店の販売委託料を差し引いたもの（残りの永代使用料）がお寺に入金されるようにした場合、問題がありますか？

　永代使用料が便宜上石材店が貴寺の代理で受け取るだけであれば、問題はないと考えます。
　
　石材店が「永代使用料」を受け取る権限はないと考えます。そのためにも、墓所を購入（貸与を受ける）者との契約書などをしっかり確認するようにしてください。

色々教えていただきありがとうございます。

便宜上、①永代使用料が契約者から一旦石材店に振り込まれます。
②石材店はお寺が支払うべき販売委託料を差し引いて、残りの永代使用料がお寺の口座に振り込みます。
あくまでも①は永代使用料なので非課税なはずですが、①→②の流れが税務署によって、「①石材店の売り上げ→②紹介料を払っている」とみなされる危険はないでしょうか？

契約書、使用証書の発行はお寺が管理していますし、その中で契約者が支払われるお金について永代使用料としてあります。

①→②の流れが税務署によって、「①石材店の売り上げ→②紹介料を払っている」とみなされる危険はないでしょうか？
　⇒　税務調査時には契約書などを示し、説明すれば理解されると思います。

親身に相談に乗っていただきありがとうございました。参考にさせていただきます。

　　ベストアンサーをありがとうございます。
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