個人事業主がポイントを利用した立て替えを行った際の返還金額について

本件はあくまでもご質問者様と、お取引先の方との、当事者間の合意形成なので、ポイント分の請求権は、税法（行政法）や刑法ではなく、私法上の話になります。

過去に裁判例などがあれば正当性が明確になりますが、特段なければ、社会通念上どう考えるかとなります。

ご質問者様のご意見の通り、通常は購入代金を、お取引先様に請求できる権利があると思われるので、代行者であるご質問者様が、依頼された物品を、ポイントで払おうが、現金で払おうが、クレジットで払おうが、お取引先様が何かいう権利もなく、現金部分だけしか支払わない（債務を履行しない）のは、不当だと思います。

ただし、本件は、お取引先様が確信犯的にごねていると思うので（またはお取引先様の認知力に障害がある）、正当性を言っても解決しないと思われます。

配達サービスの運営組織に調停してもらうか、少額訴訟するか、泣き寝入りするかです

時間のかかる話になりそうなので、金額によりご判断されるのがいいと思います。　

ご質問者様のご意見はごもっともですし、心中はお察ししますが、
ここやその他の場所で正当性を確認しても問題解決に役に立つかというと、個人的には疑問です。