家族の会社から一部独立して仕事を請け負いたい

仕事量に見合う正当な給与を取る必要があると思います。

同一の会社から給与(給与所得)と報酬(事業所得または雑所得)を分けて受け取る場合、先ずはそのような取引を行う合理的な理由が必要になると思います。会社にとっても源泉税と消費税の問題が関わってきますので、税務調査の際はチェックの対象になりますのでご留意ください。
その上で、会社とは雇用契約と請負契約を締結し、契約内容を明確にしておくことが必要と考えます。

雇用契約と請負契約の締結は、無理がありますので、ご留意ください。
合理的な理由があるとすれば、どちらかの選択と思います。

富樫先生、服部先生、ご回答いただき誠にありがとうございます。

主人と話をして、個人事業主ではなく、私一人の合同会社にすることになり、

月に数万円の給与での雇用形態を、義兄と主人の会社に残す合理的理由は、
「社員ができない幅広い雑用（一般事務）をしに頻繁に出社しなくてはならないことと
コンプライアンス責任者として会社に在籍していなくてはならないから」
（現状は社長が形だけのコンプライアンス責任者ですが機能していないので、
　実質コンプライアンス担当している私が出社の頻度を増やして、本当に責任者になる。
　この業界では零細企業ならパートの事務でもコンプライアンス責任者になれるため）
等と考えてみました… それに基づいて雇用契約を結び、
それ以外の仕事は私の合同会社として請負契約を結ぼうかと。

しかし、やはりややこしいですし、全ての仕事を請負にして、きっぱり辞めようかとも…
波風立てないように、もう少し事務員が増えるまで在籍し、徐々に去りたいところですが…

最後に、私が個人事業主ではなく合同会社でも、
主人と義兄の会社の源泉税・消費税に関して問題になり得るでしょうか

ご連絡ありがとうございます。
合同会社で、一般事務も含めて、すべての業務の受託(請負)の方がよいと思います。

ご連絡ありがとうございます。
合同会社との委託(請負)契約であればご主人等の会社の源泉税や消費税の問題は解消します。
なお、時間的拘束があり会社の指揮命令で働く場合は雇用関係になります。一方の請負や委託は依頼者の指揮命令を受けることなく自らの判断と責任で仕事をするものになります。当然、時間の拘束もありません。
税務は実態で判断しますので、実態が伴った形で運用して頂くのが望ましいと考えます。

実態となれば、勤務に見合う給与を取る必要があります。
最初に戻ってしまいましたが。
合同会社からの出向の方法もあります。