損害賠償金として、相手から対象不動産の売却益で受け取るか否かについての税金について

双方で和解、合意するのであれば、購入総額1億円で買い取り(本来、ご質問者が購入する代金)、ご質問者の商品として今後、販売されたら良いと考えます。

御相談者の質問の趣旨は、背任行為で5,000万円を受領することの質問と拝察します。
時価との差額5,000万円を受領できるか否かは、相手方も相当の抵抗が予測されるため、ここでは別の問題と整理させてください。税金などの角度を含め回答させていただくと、
対象の不動産がどういった形状なのか、また購入した後の転売リスクはどうなのか？（本当にその額で売れるのかなど）
不動産会社を経営されていますから、建物を売却した際には当然消費税が必要になりますし、一方損害賠償金は不課税扱いですから、その両面での検討も必要となってきます。これだけの規模ですから、法人組織での経営と考えますから、専門的には、時価との差額における課税問題等も税法には定められています。また、相手方との賠償金額を確定させた後は、その不動産に抵当権を設定した後に、相手方に売却させた後に賠償額を受け取ることも可能と考えます。（購入した場合、質問者が不動産取得税を負担するのか）いずれにしろ、慎重に審議する必要があると考えます。

重森先生にご質問します。
損害賠償金としての受領が非課税扱いであれば、当社が背任行為を行った社員から不動産を購入原価で買取り、転売益を得るより、その社員に所有不動産全てを売却させて、その売却代金から、5,000万円を損害賠償金として当社が受け取るのが、税金の支払いも無く、一番良いという判断に至りますが、この解釈で宜しいのでしょうか？
また、その場合、その社員の不動産売却に伴う譲渡所得税は、どのように考慮されるのでしょうか？
譲渡益は損害賠償金に全て充てられる為、譲渡所得税は掛からないのでしょうか、それとも通常通り、譲渡所得税は掛かるのでしょうか？
ご回答の程お願い申し上げます。

通常の譲渡所得における税金が必要となります。
（保証債務の履行等に該当しないため）
また、その方の不動産所得における経費にもなりません。
（故意、重過失に伴う損害賠償金の支払いは経費にはならないため）
遠方出張で回答が大変遅くなりました。取り急ぎ回答させていただきます。

重森先生
大変参考になりました。
ありがとうございます。