共有名義の建物の賃貸について

私の分かる範囲で記載させて頂きます
参考になれば幸いです

ご質問の持分登記の意味について
建物の３５％を奥様の持分であるとは
持分は全体の３５％を持っている意味となりますので、賃貸部分の３５％が奥様の物の意味ではありません。
したがって、家賃収入が１０万円の場合
ご主人　１０万円×６５％　＝　６５，０００円
奥様　　１０万円×３５％　＝　３５，０００円　の収入となります。
ご質問のように、賃貸部分の収入全部を奥様の収入にするには、持分ではなく区分登記が必要だと考えます。

必要経費の考え方は下記の通りです。
生計を一にする配偶者その他の親族に支払う地代家賃などは必要経費になりません。逆に、受取った人も所得としては考えません。
 これは、土地や家屋に限らずその他の資産を借りた場合も同様です。ただし、例えば子が生計を一にする父から業務のために借りた土地・建物に課される固定資産税等の費用は、子が営む業務の必要経費になります。
詳しくはhttps://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2210.htmを参照ください。

尚、質問の理解が間違っていましたらご容赦ください。
では、参考までに

回答頂き、ありがとうございます。
質問4に関連した持ち分登記につき、賃貸部の面積が建物全体の35%であり、それを妻名義とする前提で、建物を夫婦で区分登記すれば、土地が夫の単独名義でも問題無いとの理解で正しいでしょうか。

質問1-3に関連した必要経費の考え方については、当ケースの場合、利用料を計上せず、経費としても計上しない旨を理解しました。

お手数ですが助言頂けますでしょうか。
宜しくお願いします。