共働きで子供をどちらの扶養にするか？

所得が高い方の扶養に入れるのは正解です。
不動産所得でも給与所得でも、超過累進税率の所得であれば、課税所得金額が多い方にいれる判断で間違いありません。

ちなみに、ご長男は所得税の節税になりますが、ご次男は所得税の控除対象ではありませんので所得税の節税にはなりません。
しかし、必ず年少扶養親族として確定申告書に記載してください。
住民税の均等割や所得割が非課税になる基準において有利になります。

保険は実際に負担された方の控除となりますので、変更される場合、実際の負担を口座の履歴等でも矛盾が無いようにご留意ください。

「年収」の比較ではなく、「課税所得金額」で比較されるようご留意ください。
仮に奥様の不動産所得がマイナスとなる場合には、そのマイナスは給与所得と通算することで課税所得金額は少なくなることもあります。
扶養控除は年によって変更することも可能ですので、年末のお二人の所得金額の状況を見定めて節税になる方から上手に控除すると良いと思います。