不動産売却時の「3000万円の特例」と「特定居住用財産の買換えの特例」の選択基準はありますか？

買換え特例はあくまでも「課税の繰り延べ」ですので、買換え物件を将来売却したときに課税される可能性があります。従って、譲渡益が3000万円以下である場合には特別控除を選択された方が望ましいと考えます。
譲渡益が3000万円を超える場合には、それぞれの特例を使った場合の税負担を比較検討し、また将来の売却の可能性も考慮に入れて検討することが必要になります。
なお、3000万円特別控除の場合には、所得税・住民税の面では税がかからないメリットがありますが、国民健康保険は3000万円特別控除前の金額が基準になりますので、売主さんが国民健康保険の場合には翌年の保険料が上がる可能性がありますのでご留意ください。

ご実家、ということですので、ご両親の所有のものとなるでしょうか。であれば、利益額にもよりますが、原則として30百万控除の利用が有利です。
相続においては、取得価額が引き継がれますが、ご両親名義で買替した資産の取得価額が過去取得したものが引き継がれてしまいます。

相続税が発生する、しないにかかわらず、相続が生じることを想定すると、控除により、取得価額をリフレッシュさせておくのが宜しいのかと存じます。

回答とアドバイスどうもありがとうございます。
相続面ではとても参考になりました。