土地売却時の借地権の評価基準について

一般論とすれば、地代が少ないため、使用貸借に該当し、借地権の評価は不要と思います。

遅滞なく、無償返還の届出もありと思います。

公示価格の1%相当の金額とのことですが、土地の固定資産税の金額に比べるとどれ位になるのでしょうか。
40年前から土地の賃貸が行われ、土地所有者にとって安定した収益(利益)が継続していた場合には、会社に借地権が発生していることも考えられます。
会社に借地権が発生している場合で、土地の所有者と借地人が同族関係者であるときは、国税庁が定めたその土地の借地権割合に応じて土地所有者(底地)と借地人(借地権)の売却代金を案分することになると考えます。

無償返還の届は提出されていないのですね。であれば、無償返還の届を出せば、個人100％と理屈はなりますが、直前に出すことは実務上ほぼありません。原則、借地権は発生。それが無償返還の届を直前でも出せば、所得を移転できる、というのは租税回避ととられかねず、税務的なリスクが非常に大きいですから。

指導、というのは顧問税理士の方からであれば、適切な助言を頂いているのかと存じます。指導をされた方に丁寧な説明を頂けるように働きかけるのが宜しいのかと存じます。

売却前の無償返還の届出であれば、何ら問題ありません。
公示価格と固定資産税評価額の差がそんなにあるとは思えませんので、賃貸借は無理があり、借地権発生もないと思います。

ご回答ありがとうございました。
相反するご意見があり、この案件の判断が微妙であることを理解しました。

担当税理士に、反対意見もあることを伝えてください。