所有財産の譲渡に関する契約と税金について

まず、土地が何筆かに分かれていても、税務上は利用区画ごとに判断するため、２筆の土地が宅地として一体となっていれば、合計の売却金額から合計の取得費を控除して譲渡益を計算します。ご記載の数値例の場合、5000万円から各筆の取得費の合計を控除することになります。
U字溝部分については、最善の方法は昔からの地主と今回のメインの土地建物の購入者の直接契約にしてもらうことだと思います。居住用資産の譲渡特例は譲渡益が出た場合のもので損が出れば、その他の所得と相殺計算になります。ご記載のように買い取ってから売却となると、溝部分の譲渡損は、メインの土地建物の譲渡益と相殺されることとなります。3000万円を超えなければどっちみち課税されない部分の譲渡益と相殺になるのでおもしろくありませんが、7仕方ないですね。
結論としては契約を分けても分けなくても税金の額は変わらないと思います。

ご回答ありがとうございます。確認ですが
A・・・土地+建物、B・・・土地、C・・・U字溝とした場合
総額5000万円で販売契約した場合
5000－（Aの取得費＋Bの取得費＋Cの取得費）-3000
としたいのですがCは現時点で地主の所有のため-3000ができないと思います。
そのため面積按分で
5000×（Aの面積＋Bの面積）/全面積-（Aの取得費＋Bの取得費）-3000=課税金額・・・ア
5000×（Cの面積）/全面積-（Cの取得費）=課税金額・・・イ
ア×14.21%（10年の長期保有の特例税率）
イ×30%
となるのでしょうか?　Cについては取得も同時に発生します。
少なくともCの売却金額は単独で明確にする必要があるのではないでしょうか?
（直接購入者がU字溝を購入できない前提です）
再度の質問で申し訳ございませんが宜しくお願い致します。

ご記載の通り、契約を分ける、又は契約書上で内訳を明確にした方がよりよいと思います。ただし、いずれにしても、現在第三者から取得したものをすぐに他者へ売るのですから通常はその部分の取引からは損も得も出ないと考えます。少なくともその取引から利益は出ないと考えるのが通常です。
ご記載の例であれば、AとBの譲渡収入は5000－Cの取得金額と明示すればよいですね。
税率は3000万円以上の譲渡益が出る場合、6000万円以下の譲渡益部分は14.21％です。