業務用エアコンと、工賃を別々に計上したいです。

あなたが調べた 業務用エアコンの耐用年数 13年は建物付属設備　冷暖房設備を適用されている年数です。店舗を賃借しているとのことですので賃借期間の更新ができない場合は賃貸可能な賃借期間で償却することが出来ます。
なお、エアコン本体と工賃を分けて計上することはできません。

エアコン購入費用を貴殿が負担しなければならない理由がよくわかりませんが、
以下の取扱いになるのではないかと思います。

①　貴殿の過失等によりエアコンを破損させ交換が必要となった場合
エアコン取替費用はビルオーナーに対する弁償金として取り扱うため、全額費用（修繕費）として処理します。

②　自然的に故障したエアコンを貴殿の希望により取り換える場合
本来は貴殿の資産となるものが、オーナー所有で合意済み。
したがって、エアコン取替費用は貴殿の固定資産とはならず、自己が便益を受けるため（エアコンを独占的に利用）の一時の費用として「繰延資産」に該当し、5年で償却することになるかと思います。
また、仮に退去した時には未償却残高を費用で落とすことになります。

なお、エアコン本体と工賃は、これらは一体のものですので区分することはできません。

御回答ありがとうございます。
二年更新の、今年更新して3年目に突入の居抜き物件で、賃貸契約の中に、備え付け備品の故障は、自己負担と書いてました。初めてのテナント契約で、冷蔵庫、製氷器などは、説明を受けたのですが…エアコンが故障したら負担とも書いてて、でも、故障したエアコンを調べたら、すでに16年経った古いエアコンでした。
このまま使ったら、火災の危険もあるとのこと。
契約時に内容をよく見てなく、エアコンの年数を聞いてない私が全額負担することに。
リースもダメだそうです。原状回復、または、維持でと言われました。エアコンは、取り付けのまま、いずれ退去です。

この場合、金額が40万くらいと、大きいのですが弁償(修繕費)として計上できるのでしょうか？

それとも劣化で故障して、契約内容で、オーナーでなく、自分自身が必ず取り替えなきゃ行けないので、遅延資産なんでしょうか？

居抜き物件で備品関係の修繕費負担が契約書で明記されているのですね。

それなら、修繕費負担も家賃の一部（修繕義務を負う代わりに家賃が低く設定されている）と考えれば、
今回のエアコン負担も費用（修繕費）として処理しても良いかもしれません。