法人と個人の資金移動について

個人口座から法人に移動した資金の内容によります。
個人から法人への貸付であれば、法人は個人からの借入金（負債）になりますので収入にはならず、これを返すのは借入金の返済なので費用にもなりませんから法人に対して税金はかかりません。
個人も貸し付けた資金は財産であって費用になりませんし、返済を受けたときは貸付金を回収しただけなので収入になりませんから、税金はかかりません。（利息の受け渡しがある場合は、利息は個人の収入になりますので税金がかかります。）
なお、この場合は役員報酬ではなく貸付金の回収です。
法人に贈与したのであれば、法人は益金となり法人税等の課税対象になります。
最初に移動した資金であるかどうかは関係ありません。

自身の経営する法人でも法人と役員個人は全くの別人なので、その前提でお考え下さい。

つまり何年かに渡って個人口座から移動した資金分を役員報酬とは別に法人口座から戻していく分には問題ないという事ですか。

個人から法人への無利息貸付であればその通りです。
先の回答を再度お読みください。