法人設立時の届出と納税について

ご質問の件ですが、以下回答させて頂きます。

１、納税と申告先について
ご認識の通りで問題ございません。
●法人税・消費税: 本社（A市）管轄税務署
●事業税・都道府県民税: 本社管轄の都道府県税事務所（県内一括）
●法人市民税: A市・B市・C市の各市役所（事業所がある全市区町村への申告・分割納付となります）

２、給与支払事務所等の開設届出書について
給与の計算・支払いを本社（A市）で一括して行う場合、３店舗分の届出は不要です。本社分のみの提出で完了となります。
＊万が一、各店舗で独自に給与の支払い事務を行う場合は、それぞれの管轄税務署への届出が必要になります。

３、の他に必要な主な届出・手続き
法人（事業所）設立届出書（B市・C市）: 店舗があるB市およびC市役所にも、事業所設置の届出が必要です。

源泉所得税の納期の特例の承認に関する申請書: 従業員（役員含む）が常時9人以下であれば、毎月の源泉徴収税の納付を年2回にまとめられるため、要件に合致すれば提出をおすすめします。

その他実務: 設立から3ヶ月以内の役員報酬決定、消費税のインボイス発行事業者登録手続き（必要に応じて）が必要かと存じます。

回答は以上となります。
ご参考になりましたら幸いです。

詳しくご説明いただき、有難うございました！

ご認識の納税先の整理で合っています。法人税の納税地は本店所在地で、消費税も本店所在地なので、どちらもA市管轄の税務署です。法人市民税は事務所や事業所のある市町村ごとに課される仕組みのため、A市・B市・C市の3か所へ申告します(都道府県分は県税事務所です)。給与支払事務所等の届出の対象は「給与の支払事務を取り扱う事務所」なので、給与計算と支払を本社で一括して行うなら本社分だけで足り、店舗ごとの提出は不要です。追加で漏れやすい手続を2つ挙げます。1つ目は、店舗のあるB市・C市への法人の設立(事業所設置)の届出です。2つ目は個人事業側の締めで、個人としては廃業になるため、廃業の届出書をその年分の確定申告期限までに税務署へ提出します(都道府県・市への個人の事業廃止の届出も)。青色申告の承認は業務の全部を廃止すると翌年分以後は自動で効力を失うので取りやめの手続は不要ですが、廃業年分(法人に移すまでの期間)の確定申告は必要です。消費税の課税事業者なら「事業廃止届出書」も速やかに提出し、予定納税の通知が届いていれば減額の承認申請も検討してください。

追加の情報も教えていただき有難うございます
大変参考になります！

参考になったようでしたらよかったです。
また何かございましたらお気軽にご相談ください。