アプリ開発費を個人で支払うか法人成りしてから支払うか

文面から分かる範囲で回答します。
個人で発注しているので、支払う義務を負うのは個人になります。
仮に、発注先との合意で発注者を法人に切り替えることができるとしても、補助金が無効になる可能性があります。
補助金の具体的な内容を拝見しないとわかりませんが、一般的に補助金は特定の者に対してのものであって、自身が経営する法人でも個人と法人は法律的に別人なので、現在申請している補助金が無効になると思います。

法人成りの場合、アプリはその時の時価で法人に譲渡するのが原則ですが、時価の測定が困難な場合は簿価で譲渡することになりますので、アプリの譲渡だけで見れば個人の方に譲渡益は生じないことになります。法人の方も受贈益などの収益は生じないことになります。

回答ありがとうございます。

補助金はものづくり補助金です。
作成を依頼していた中小企業診断士の方は法人として支払っても大丈夫と言っていたので、改めて確認しようと思います。

簿価で譲渡する場合、譲渡税や受贈益は生じないとのことですが、個人の方で譲渡価格に応じて所得税や住民税は増加するという理解でよろしいでしょうか？

簿価譲渡の場合、譲渡益は生じませんので譲渡に係る税金の増加もありません。
簿価よりも高い価格で譲渡すれば基本的に税金は増えますが、当初の回答の通り譲渡価格は恣意的に設定できるものではありません。

数年前にものづくり補助金を認定支援機関として数件関与しましたが、支払いのエビデンスが申請者と同一であることが要件になっていました。最近制度が変わったのかもしれませんが。

譲渡価格は恣意的に設定できないのですね。
また、簿価譲渡が通常の売り上げと違い所得税/住民税の増加に繋がらないことも初めてしりました。
参考になる情報をありがとうございます。

簿価に関して、例えば個人が1000万円で外注したアプリを法人に引き継ぐ場合、簿価は1000万円になるのでしょうか？

当初の回答にも記載しましたが、法人成りによる個人から法人への資産の譲渡価格は、原則は時価ですが時価の測定が困難な場合は譲渡時の簿価になるのが一般的です。
簿価は1,000万円－取得時から譲渡時までの減価償却費です。

法人成りによる個人から法人への棚卸資産と混同されているようですが、棚卸資産であれば個人の売上となります。
一方、棚卸資産と土地・建物（こちらは分離課税の譲渡所得）以外の資産（アプリは無形固定資産）の譲渡は総合課税の譲渡所得となり、ご質問のケースの場合は、譲渡価格－譲渡時の簿価－控除限度額50万円が譲渡所得になりますので、譲渡価格が簿価であれば簿価－簿価＝所得0円です。

非常に分かりやすい説明ありがとうございました。
お忙しい所、ご対応いただき本当にありがとうございます。

余計なことかもしれませんが、仮に診断士さんが言うように補助金上、法人から支払っても大丈夫でも、発注者がご質問者様個人でこの代金を法人から支払えば、税務上はご質問者様に対する経済的利益の供与と看做されて課税される可能性がありますので、ご注意ください。
つまり、補助金上で問題ないことでも課税上は問題があるということです。

承知しました。
非常に参考になります。
ありがとうございます。