貸借対照表項目　どこの金額が反映されているのか

こんにちは。
会計ソフトの仕様についてはベンダーに聞いていただくよりないと思います。
ヘルプメニューから検索するのもいいと思います。
日々の記帳はまず残高試算表に表示されると思いますので、これをプリントアウトするといいと思います。
次に、会計ソフトから作成される確定申告書と決算書にはこの残高試算表からデータが飛ぶと思いますので、どの科目がどこに集約されているかは数字を見てみるか、ベンダーに問い合わせていただくとよいと思います。
損益計算書ですが、売上については、各月の売上高が２ページ目の「売上（収入）金額」に上がっていることと思います。必要経費は会計ソフトの科目が決算書ではある程度集約されていることもあると思いますので、詳しくはベンダーへお問い合わせください。
申告書のほうは第二表の所得の内訳欄に収入金額と源泉徴収税額を記載する箇所があるのでそこに記載します。なお、手数料が引かれる場合は手数料込みの金額で売上計上し、同時に経費として手数料分を支払手数料として記帳します。
仕訳で示すと以下のとおりです。
現金預金or売掛金xxx/売上xxx
支払手数料xxx/現金預金or売掛金
さらに源泉徴収がある場合は、源泉徴収税額込みの金額で売上に計上し、源泉徴収税額は事業主貸で処理します。
売掛金xxx /売上xxx
事業主貸xxx/
という感じです。
支払については、請求があったときに経費に計上し、支払と分けて記帳します（売上についても売り上げたときと回収したときで分けて記帳します）。
○○費xxx/未払金xxx（摘要：２月分電気料金）
未払金xxx/現金預金xxx（摘要：２月分電気料金支払）
という感じです。
生活費など事業用口座からプライベート口座にお金を移すときは
事業主貸xxx/現金預金xxx
という仕訳を切ります。
ポケットマネー（プライベート口座）から事業用のものを支出したとき・売り上げたときも同じ考え方です。
（経費）○○費xxx/事業主借xxx
（売上）事業主貸xxx/売上xxx
要は、ポケットマネー（プライベート口座）からお金を出したときは事業主借、ポケットマネーにお金が入ったときは事業主貸勘定を使うということです。
なお、プライベートのものをプライベートのお金で買ったときなどは記帳の必要はありません。
元入金は最初は開業時の元手の金額を記入します。
翌期以降は、前期末の元入金+利益+事業主借－事業主貸＝翌期首の元入金となります。この計算はたいていの会計ソフトは繰越処理の際に行ってくれます。
受取利息については、
預金xxx/事業主借xxx
と記帳します。
ここまで記載してきて、現金預金と記載したのはあくまで事業用としての小口現金及び預金残高です。したがって、プライベート口座と事業用口座がきっちりと分けられている場合は帳簿上の預金残高と銀行残高は一致すると思いますが、分けられていない場合は通常一致しません。よって、事業用口座を分けることをお勧めします。
修正申告にあたって、口座がプライベートと事業用とが混同している場合は、どの取引が事業の入出金でどの取引がプライベートの入出金かを明確にし、事業の入出金をプラスマイナスした残高を貸借対照表の「その他の預金」（普通預金の場合）に記載します。
以上、一度時間をとって、整理されることをお勧めいたします。

丁寧なご回答ありがとうございました。
本年度の確定申告は、65万控除は諦めて10万控除で申告しました。ご返答頂いた内容をふまえ、時間をとって、ここ数年分を整理し、来年に臨みたいと思います。会計ソフトの使い方も再度確認してみます。
ありがとうございました。

こちらこそありがとうございます。
一度にやるのは大変かと思いますので、項目ごとに処理されるとよいかと思います。