基礎控除

給与所得者の収入金額から控除される65万円は基礎控除額ではなく給与所得控除額です。給与所得者の所得計算は以下のような計算になります。
給与収入金額96万円-給与所得控除額65万円=給与所得金額31万円
給与所得金額31万円-基礎控除38万円=0
なお、この給与余得控除額65万円は給与所得者だけになります。

この65万と基礎控除の65万は同じなのでしょうか？

いろいろと似ている言葉があるので、混乱されていることかと思います。
言葉の説明から入らせてください。

所得税の基礎控除は38万円で、青色申告の控除は65万円です。
奥様のは給与所得控除の65万円です。
市民税の基礎控除は33万円ですので、奥様の年収が96　-　65（給与所得控除）　-　33　以下ですので市民税がかかりません。

個人事業主の場合はそれは適用されないのでしょうか？

個人事業主は、給与所得ではなく事業所得ですので、給与所得控除65万円は適用されません。

基礎控除は38万円です。
奥様が受けている控除65万円というのは、給与所得者が受けられる給与所得控除というものです。
給与所得控除の金額は、給与の収入に応じ変動します。
個人事業主は事業所得なので、給与所得控除は受けることが出来ません。
その代わりに、青色承認を受けた場合に青色申告特別控除65万円を受けることが出来ます。

65万円の控除は青色申告をする者のうち、貸借対照表を作成し、提出する人が適用出来る控除です。
貸借対照表の提出が無ければ10万円の控除となります。
一方、奥さんが受け取る専従者給与から差し引く65万円は奥さんの給与収入に係る必要経費となりまして、お問い合わせのとおり、年収96万円から65万円を引いて基礎控除38万円を引けば非課税となります。
専従者給与を支払うあなたから見れば、専従者給与96万円、青色申告特別控除65万円及び基礎控除38万円は確実に経費になると考えて良いこととなります。
1つだけ注意しないといけないのは、専従者給与は1円でも支払うと、扶養に入れることはできませんので、奥さんの給与は扶養の範囲内ではありますが、配偶者控除の適用はできないということだけはご注意ください。

給与所得者の65万円は、基礎控除ではなく、給与所得控除額と言います。
青色申告者の65万円は、青色申告特別控除額と言います。
給与所得(専従者給与)は、96万円ー65万円(給与所得)＝31万円になります。
所得税の基礎控除38万円、住民税の基礎控除33万円以下ですから、税金は課税されません。

首藤先生が最後におっしゃった扶養に入れることはできないというのは、もうすでに扶養から外れてしまっているということでしょうか？
専従者になったのは今年からなのでまだ税金等には関係ないですが、来年からは扶養が外れた形になるということですか？
扶養から外れていると国民健康保険料が今までみたいにまとまってくることがなくなるのでしょうか？

税金で言うところの扶養になります。
国民健康保険ではあなたの扶養にいれたままの状態で問題ないと考えます。
よく間違えるケースで、奥さんに専従者給与与を支払いを行いながら、配偶者控除をうけると言うことがあるため、補足で記載させて貰いましたが、紛らわしくなってしまいましたかね？
申し訳ありません。

ちょっと、質問の趣旨と違って回答してしまいました。
国民健康保険は今までと変わらないと考えてもらった方がよろしいかと思います。

いいえ！とんでもないです！
とてもわかりやすかったです！
知らなかったことなので知れて良かったです！