確定申告期限後に損益計算書の月別売上の変更できますか？

納税申告書を提出した者は、①納付すべき税額に不足額があるとき、②還付金の額に相当する税額が過大であるとき、③純損失などのいわゆる赤字の金額が過大であるときなどにおいて、税務署長の更正があるまでは、課税標準等又は税額等を修正する納税申告書を提出することができます。
税額等に変更があるわけではないので、税務署の方では原則変更不可です。ただし、月別の売上に関しては、給付金等で正しい数字が求められることが多いので、税理士に作り直しをしてもらうべきだと思います。

作り直してもらった損益計算書は給付金などの提出書類としての効果はあるのでしょうか？

効果あるかどうかは給付金等を管轄するところに聞いていただくしかないです。ただし、持続化給付金のときは、それが原因で受給できなかったという話は聞いたことがないです。
そもそも間違っているものを正しく直すだけのことですから、不正でもなんでもありません。不正受給するために月別の数字をいじっているわけではないですから。

ありがとうございます。
直してもらえるように依頼してみます。