過去の未払金について

未払金が合わない原因を追及してください。

過大計上なら、経費過大ですから、原則として修正申告かと思います。
カードの支払時、未払金を減少させるところ、事業主貸の処理をしていれば、所得は動きませんから、翌年に「未払金//事業主借」の処理で良いでしょう。

原因がわからないと修正のしようがありません。
期限内は確定申告をしていても、原則として訂正申告することができます。

回答します。
修正できるのなら、多分要因はクレカの決済処理ができていないからだと考えます。
未払金/普通預金　の処理ができていないため、未払金が減っていないと考えます。
通帳から確認し、未処理分を決算修正で対応すべきと考えます。

ご回答をありがとうございました。
まずは原因を追及していきたいとおもいます。