個人事業主について

あなたの場合は、収入金額として少ないため、主たる事業所という設定をする必要はないと思います。
白色申告の記帳方法に規定されるように収支を計算することとなりますが、
年間の諸々の経費を収入から差し引けば残りの利益にあたる部分は20万円以下となるのではないでしょうか。
そうなれば、確定申告は必要ありません。もし越えていれば雑所得として申告することとなります。開業届等は提出の必要はありませんし、ご記載のような事業所としての設定についても気にすることはないと思います。
収支計算といっても収入は実際の給料の金額でよいと思いますし、必要経費も家計簿のようなものでよいと思います。難しいことはありません。
それより、マイナンバーが導入されるからと言って、勤務実態等が変わらないのに請負契約にするというのはおかしな話ですので、労働基準監督署等に相談されてもいいかもしれません。
今までより、少なくとも消費税分は支払金額が増えないとおかしい等という突っ込みどころもあります。