一般障害がある21歳の息子の給与支払額が年間で103万を超えた場合の支払う税額等について

文面から分かる範囲でお答えいたします。

交通費につきましえ、通勤手当などの形で分けて支払われている場合は１０３万円の判定には含まれません。
ただ、分かれていない場合や交通費が低く、それでも１０３万円を超える場合は扶養から外れることとなります。

この場合、お子様は障害者控除がありますので、税金は住民税の均等割のみになるかと思われます。
親は障害者控除と扶養控除がなくなりますので65万円の控除がなくなり、所得税、住民税合わせて、そのおよそ３割、20万円程度の増加になるかと思われます。

ご参考になれば幸いです。

交通費は給与明細欄では、基本給とは別に「交通費」となってわかれています。基本給\85,000、交通費\10,000という感じです。頂いた回答から、わけて考えて良いのであれば、\85,000*12＝\1,020,000なのでギリギリ大丈夫という事で良さそうです。
息子の雇い主は、障害者雇用促進の会社ですし、以前も確か「103万を超えないように調整した方が良いですか」と逆に相談を受けたのですが、今回担当の方が変わり、説明が無くなり苦慮しておりました。増額もわかりやすくてありがとう御座いました。