住宅ローン控除について

住民税は、1月1日現在居住者である方に対して、その年の6月以降から特別徴収等されていくので、過去分は影響ないと思いますが。

所得税から引ききれなかったローン控除の金額は、翌年分の住民税から控除されます。つまり、納める住民税から控除されるものになりますので、後から住民税が還付されるということはありません。
宜しくお願いします。

所得税からローン控除分がすべて引かれるときは、副業分を雑所得として確定申告するとき、住民税の支払いは全て、普通徴収にできますか。

お住いの市区町村によって異なりますね。区役所等へご確認いただくのがよろしいのかと存じます。