住宅ローン控除における補助金控除割合について（ペアローン・共有名義）
※投稿するカテゴリを誤ったため、こちらでも投稿いたします。
新築住宅について、夫婦でペアローンを組み、それぞれで住宅ローン控除を受けようと、2026年3月にe-taxにてそれぞれ確定申告を提出しました。手続きが滞っているのか、2人分ともに全く連絡・還付金振り込みがないため、本日担当の税務署に電話したところ、私のほうの確定申告書にある「国から受けた補助金額」を修正するように指示されましたが、納得がいきません。
【確定申告時の入力内容】
・補助金詳細：子育てグリーン住宅支援事業（世帯で80万円受け取りました）
・e-tax入力時、持分と取得価格割合に合わせて記入するよう書かれていたため、夫6（48万円）私4（32万円）で入力しました。
【本日言われた修正指示内容】
・私のほうに補助金の全額80万円と記載してください
・夫の方は補助金額を修正してもしなくても控除額が変わらないため、私のほうだけ修正してください
【状況】
・建物持分：夫6割、妻4割
・取得価額：持分割合に応じて按分し、e-taxにてそれぞれ記載
・住宅ローン：ペアローン（夫6割、妻4割）
【質問内容】
もし税務署の言う通りに修正した場合、
・夫：補助金を48万円（60%）反映
・妻：補助金を80万円（100%）反映
のような状態になり、世帯全体で補助金を二重計上しているように思え、整合性に疑問があります。
なお、補助金の交付申請はハウスメーカー経由で行われ、共同事業者欄には夫の名前のみ記載されていました。
この場合、
① 補助金は共有持分割合で按分するべきか
② 申請名義人100%で処理するべきか
③ 税務署の説明のような処理は制度上整合するのか
をご教示いただきたいです。
どうぞよろしくお願いします。
税理士の回答
住谷慎一郎
e-taxのシステム上、入力では補助金の80万を全額入れれば、システムのほうで、持ち分割合（本件の場合では、48万、32万）に基づき、ご質問者様と配偶者様に自動計算され申告に反映されるはずです。
税務署が奥様の入力のほうに80万入れて、というのは、それでシステム計算で奥様の減額が32万になるから、という意味だと思いますので、ご確認ください。
住谷慎一郎
私のほうでQ&Aを探しました、こちらをご確認ください。
https://www.keisan.nta.go.jp/r7yokuaru_sp/socat2/socat22/scid2251.html?utm_source=chatgpt.com
早速のお返事ありがとうございます。私の方が勘違いしている可能性が高いですね。頂いた内容で、腹落ちしました。
念のため、明日、改めて税務署の担当の方にお電話して確認いたします。
住谷慎一郎
確認頂くのがいいですね、お怒り、ご不安が解消すれば幸いです。
本投稿は、2026年05月21日 18時01分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。
