住宅取得+リフォームの場合の持分計算及び住宅ローン控除について

　トータルでそれぞれ5000万円ずつ負担されていますから、持分割合は50：50がベストです。
　ローンをいくら借りるかはそれぞれの事情なので、制限はありません。
　ペアローンをお二人の連帯債務にすると、登記割合には柔軟性が持てます。それぞれの所得の割合（所得税の割合）によって登記すれば、無駄のない住宅借入金等特別控除が受けられると思います。

お世話になります。

ご記載の資金負担であれば、登記の持分割合を夫婦50%ずつとする考え方で問題ないと考えます。住宅ローン控除も、持分による借入金の制限には掛からない見込みです。ただし、中古住宅には別途「借入限度額」があるため、夫の4,500万円全額が控除の対象になるわけではない点にご注意ください。

まず持分割合です。購入費とリフォーム費の合計1億円に対し、夫の負担は借入4,500万円と預金500万円で5,000万円、奥様の負担は借入2,500万円と預金2,500万円で5,000万円です。負担割合は1対1なので、50%ずつで贈与税の問題は生じません（相続税法第9条のみなし贈与＝実質的に財産を譲ったとみなされる取扱いに当たらないためです）。

なお、登記は購入時点（9,000万円部分）で行い、リフォーム費用は登記に直接は反映されません。お二人がリフォーム代も同じ割合（各500万円）で負担するのであれば、50%ずつで整合します。一方、例えば夫がリフォーム代を多く負担するなど偏りがある場合は、持分の調整が必要になることがあります。また、預金からの支払いは、それぞれご自身の名義・稼ぎで貯めた預金であることが前提です。

次に住宅ローン控除です。控除の対象となる年末残高は「取得対価の額×持分」が上限です（租税特別措置法施行令第26条）。お二人とも上限は1億円×50%＝5,000万円で、借入額（夫4,500万円、奥様2,500万円）はこの範囲に収まっているため、持分による制限はありません。

ただし、中古住宅（既存住宅）の借入限度額は、一般の住宅で2,000万円、認定住宅等で3,500万円（省エネ基準適合住宅は2,000万円）とされています（入居年により異なります）。この場合、夫は限度額まで、奥様も一般の住宅であれば2,000万円までが計算の対象となります。控除率は0.7%、控除期間は10年（認定住宅等は13年）です（租税特別措置法第41条、タックスアンサーNo.1211-3）。

あわせて、以下の要件もご確認ください。
・リフォーム部分の借入は、工事費100万円超などの増改築等の要件を満たす必要があります。
・取得日から6か月以内に入居することが必要です。
・床面積50㎡以上、合計所得金額2,000万円以下などの要件があります。
・控除は入居した年から始まります。

お世話になります。

ご質問に対する回答）
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すでに他の税理士の方から回答済ですので、私からは下記のとおり回答させていただきます。
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回答①
質問者さまのご認識のとおり、50％ずつが正しく、税務上問題ありません。

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回答②
住宅ローン控除の「対象」としては、どちらも質問者さまのご認識のとおり持分割合による制限はかかりません。ご夫婦お互いに出し合う原資が、100％住宅ローンでも、貯蓄でも、親族からの借入でも、すべてご自身にて準備した資金により負担したことになります。

ただし、住宅ローン控除の制度における「借入限度額」については再確認ください。住宅の区分ごとに細かく異なる額が設定されています。
https://www.mlit.go.jp/jutakukentiku/house/jutakukentiku_house_tk2_000017.html

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なお、ペアローンではなく、共働きにおける連帯債務にされる場合は、以下の情報が参考になります。

国税庁 昭34.6.16直資58「共かせぎ夫婦の間における住宅資金等の贈与の取扱について」
https://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kobetsu/sozoku/590616/01.htm

国税庁タックスアンサーNo.4411「共働きの夫婦が住宅を買ったとき」
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/zoyo/4411_qa.htm
↓
連帯債務の場合、債務負担割合と登記割合が異なっていても、暦年贈与となります。

質疑応答事例「共有の家屋を連帯債務により取得した場合の借入金の額の計算」
https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/shotoku/06/36.htm

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他の方のアドバイスも参考になさってください。少しでもご参考になりましたら幸いです。

皆さま、お忙しいところ早々にご回答いただきまして、誠にありがとうございました。3名もの先生にご回答いただけて大変有り難く思っております。

藤倉先生の「なお、登記は購入時点（9,000万円部分）で行い、リフォーム費用は登記に直接は反映されません。お二人がリフォーム代も同じ割合（各500万円）で負担するのであれば、50%ずつで整合します。一方、例えば夫がリフォーム代を多く負担するなど偏りがある場合は、持分の調整が必要になることがあります。」
という部分がよく分からなかったのですが、
例えば、前提条件が、

・住宅購入費用　8000万
・リフォーム費用　1000万

・夫　住宅ローン借入　4500万①
・夫　預金から支払い　 0万
・私　住宅ローン借入　2500万②
・私　預金から支払い　2000万③

で、住宅購入費用は①②と③のうち1000万、
リフォーム代は③のうち1000万とすると、
何か話は変わるのでしょうか⋯？

住宅購入費用+リフォーム代を2人で折半することには変わりありませんが、リフォーム代としては私が全額支払う形になります。

お忙しいところ恐縮ではございますが、
ご教示いただけましたら幸いです。
どうぞよろしくお願いいたします。

追加例では、購入代8,000万円の負担は夫4,500万円・妻3,500万円となり、改修費を含む総額が折半でも、購入時から持分各２分の１でよいとは直ちにいえないと考えられます。妻が全額負担する改修が夫の持分にも利益を与える場合、贈与の検討も必要です。ローン控除も、各人の取得対価・借入使途と入居年の住宅区分別限度を確認します。売買・工事契約と土地建物別の資金表を整え、登記前に税理士・司法書士へご相談ください。

※本回答は一般的な情報提供を目的としたものです。詳細な判断は管轄の税務署への確認や、税理士への個別相談をお願いいたします。

戸建ての家の登記は、区分登記できないので、家の値段はいくらなのかということになれば、9000万円なので、それをもとに持分登記するわけです。
全体の9000万円の内、いくらずつ負担し合ったかで登記すると良いですよ。

みなさま、ご丁寧にご教示いただきまして、どうもありがとうございました。大変助かりました！

　参考になれば幸いです。よろしくお願いいたします。