建替え後の売却における3,000万円特別控除の適用可否と、所有期間の引継ぎ

①について
権利変換後のマンションは、従前所有していた土地建物と同じ取り扱いをすることになります。そうすると、自宅の売却になりますから居住用財産の3,000万円控除の特例を適用することが可能ですが、その売却は従前の建物（新マンションではありません。）を居住の用に供さなくなってから３年を経過する日の属する年の12月31日までに行う必要があります。
新マンションを竣工後（旧マンションからの転居後、約5年経過）に売却すると、この要件を満たしません。

②について
買換えなどで取得した土地建物については、その取得の時期を、買換えなどのために先に譲渡した旧資産の取得の時期とする特例があります。
なお、所有期間の計算は譲渡した年の１月１日現在で行いますので、2032年以降の売却であれば長期譲渡所得となります。

ありがとうございます。大変参考になりました。

お世話になります。

結論として、①新マンションに入居せず、旧マンションからの転居後約5年で売却する場合は、3,000万円特別控除の適用は難しいと考えられます。②旧マンションの取得時期・取得費は新マンションに引き継がれ、2031年中の売却は短期、2032年中の売却は長期とのご理解で差し支えないと考えます。

①について
3,000万円特別控除（租税特別措置法35条、タックスアンサーNo.3302）は、売却する家屋に現に住んでいるか、住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売却することが要件です。建替えに伴う転居を理由に、この期限を延長する取扱いは見当たりません。
権利変換で引き継がれるのは取得時期・取得費（所有期間の計算）であり、旧マンションでの居住の事実をもって新マンションを居住用とみなす取扱いではないと考えられます。
したがって、竣工後に新マンションへ実際に入居し、生活の本拠とされたのであれば、住んでいる間か、転居後の上記期限内の売却で適用対象となり得ます。なお、この特例は所有期間が短くても使えます。ただし、特例を受ける目的だけの一時的な入居は認められません（租税特別措置法関係通達31の3-2）。

②について
マンション建替え円滑化法の権利変換では、旧マンションの譲渡はなかったものとされます（租税特別措置法33条の3）。そのうえで、新マンションは旧マンションの取得時期・取得費を引き継ぎます（同法33条の6）。ただし、補償金などの金銭を受け取った部分は課税対象となります。
長期・短期は、売却年の1月1日時点で所有期間が5年を超えるかで判定します。2026年取得であれば、2031年中の売却は短期（39.63％）、2032年中の売却は長期（20.315％）となります。いずれの税率も復興特別所得税を含むもので、売却時までの税制改正の有無はご確認ください。

ご丁寧にご回答ありがとうございます。大変参考になりました。

取得時期・取得費の引継ぎと、3,000万円控除の居住要件は別に確認する必要があります。現行制度では、以前の自宅は原則として退去から３年を経過する年の末までという売却期限があるため、約５年後の売却で当然に控除できるとは考えにくいところです。権利変換の適用特例や増床・追加負担部分も確認し、取得時期が引き継がれる部分は売却年１月１日の所有期間で長短を判定します。計画書・退去日・取得資料を税理士等へ示し、2031年以降の実際の売却時にも制度を再確認してください。

※本回答は一般的な情報提供を目的としたものです。詳細な判断は管轄の税務署への確認や、税理士への個別相談をお願いいたします。