再居住した際の住宅ローン控除について

以前の住宅ローン控除制度では、入居後12月末までに引き続き居住の用に供していないときは、例え転勤の場合でも受けることはできませんでした。
その後、条件が緩和され、「勤務先から転任の命令に伴う転居その他これに準ずるやむを得ない事由（転任命令等）により、その家屋を居住の用に供しなくなった場合でも、再びその家屋を居住の用に供した場合」には、その年以降について住宅ローン控除を受けられるようになりました。
ここで必要な要件は、
①勤務先からの「転勤命令」により、居住の用に供しなくなったこと
②戻ってきて再び居住の用に供したこと
の2つです。

転任命令は勤務先が発するものですので、「転任辞令」が交付されるか、掲示板に張り出すか、何らかの形で通知されるはずです。
ですので、勤務先からの命令が証明出来ないことには、税務署としては当然のことながら、転任命令があったかどうか確認出来ないこととなります。
また、転居を伴う転任であるか、勤務先としては通える範囲と判断していないかどうか、自己都合で転居していないかという事情も必要と判断したため、そのような質問をしたのだと思います。

勤務先が転任命令を発したのにそれを証明しないのであれば、それは労働基準の問題であるため、労働基準監督署等で相談される問題だと思います。

住宅借入金等特別控除は、その住宅の取得等の日から6か月以内に居住の用に供し、かつ、この控除を受ける年の12月31日まで引き続き居住している場合、その居住の用に供した日の属する年以後の各年分において適用することができます。しかし、家屋の所有者が転勤等のやむを得ない事情により、その住宅の取得等の日から6か月以内にその者の居住の用に供することができない場合もあります。このような場合に一定の要件のもと適用を認めるとしています。その時に転任の命を証する書類が必要になります。税務署は法を適用するためには内容はさておき、それを証する書類を必要とします。会社組織として杓子定規なのはわかりますが、経理課を通じて人事課にそれを証する書類を発行してもらえないかどうか頼んでみるのも一つの方法です。書式がないというのであれば、事実通りの内容を記載した書面に会社の確認印をいただければ対応は可能かと思います。検討してみてください

ご教授ありがとうございます。
近場での転居であっても会社が命じた転居であり、それを会社が証明すれば住宅ローン控除の適用になるという事でしょうか？そうであれば再度会社に相談してみようと思います。

税務署が要請した資料を提出し、要件をクリアすれば適用は受けられますので、是非、やってみてください。